日本有些民间团体也向赴日留学生发放奖学金。这些奖学金的其中一种类型是冠名留学奖学金，由财团法人日本国际教育协会统理。如：神内留学生奖学金、关西PAINT奖学金等数十项。
　　除此以外，日本大学的奖学金还有自费外国人留学生学习奖学金、地方自治体奖学金(26个地方自治体、37个地方国际交流团体提供)、学校奖学金(233所大学提供奖学金)和民间团体奖学金(157个)。奖学金的申请以已经入学的自费留学生为对象。

　　奖学金可足够支付留学生所需要全部费用的很少，大多是只够分担生活费，学费等的一部分。根据2004年3月财团法人日本国际教育协会的自费外国留学生调查，有44.4%的自费外国留学生得到奖学金，平均月额60，000日元。而根据2003年10月的财团法人日本语教育振兴协会的调查，就学日语教育机关的学生，得到奖学金的人数只占15%，平均月额为43，117日元。